分公司所在地稅務機關繳納，也可以匯總後由總公司集中繳納。
分公司的納稅流程是:
1、分公司自領取營業執照之日起三十日內，可以憑借稅務登記證(正本副本)營業執照，基本行開戶許可證，基本行開戶行信息等證件，向稅務機關申報辦理稅務登記;
2、向所在地的主管稅務機關申報納稅;
3、依法繳納稅款。
法律依據
《中華人民***和國增值稅暫行條例》第二十二條
固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同壹縣(市)的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅;經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。因此分公司若辦理了稅務登記，則其為獨立的增值稅納稅人，應單獨申報繳納增值稅。若經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，未辦理稅務登記，則由總機構匯總繳納增值稅。