分公司的稅收方法是，企業所得稅可以在分公司所在地稅務機關繳納，也可以匯總後由總公司集中繳納。分公司的流轉稅，必須在當地的稅務機關核算繳納，這個是流轉稅的基本原則。也就是到地稅申報繳納。現在基本上所有的城市國稅地稅申報都是網上申報，未開通網上申報的公司，可以憑借稅務登記證營業執照，基本行開戶許可證，基本行開戶行信息等證件，到當地稅務機關申請網上申報納稅。如果分公司跟總公司之間是非獨立核算，那麽，分公司的所有稅種的申報，都必須由總公司匯總，由總公司申報。
《中華人民***和國增值稅暫行條例》第二十二條
固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同壹縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。因此分公司若辦理了稅務登記，則其為獨立的增值稅納稅人，應單獨申報繳納增值稅。若經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，未辦理稅務登記，則由總機構匯總繳納增值稅。