市局直屬機構2個，稽查局級別為副處級,直屬稅務分局級別為正科級。
（壹）稽查局
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調稅收違法案件的查處、審理和執行工作；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；承擔金稅工程發票協查工作；牽頭組織稅收專項檢查工作。
（二）直屬稅務分局
福州市國家稅務局直屬稅務分局(福建省福州高新技術產業開發區國家稅務局)承擔所管轄（轄區）納稅戶的納稅申報核實、稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務及稅款催報催繳、壹般性違規違章行為處理等工作。