1、銷售收入的3%，因為妳還屬於小規模納稅人，按銷售的發票金額不含稅價的3%征收，如開票1W，則1W/1.03*0.03（發票上的數字壹定要處以1.03得到的才是不含稅價），小規模納稅人不存在抵扣的問題的，也就是說就算妳買的糧食有發票··也是不能進行扣減的。
2、稅務局所說的13%的優惠政策，需要妳廠進行增值稅壹般納稅人的申請並批準，增值稅壹般納稅人可以進行進項稅的抵扣，也就是收來糧食的成本可以在銷售額中扣減，壹般納稅人的稅率為17%，初級農產品方面是有稅收優惠政策的，可以辦為13%，這個也是要申請的。
3、在妳申請為壹般納稅人並得到批準之前妳所發生的業務，都是按小規模納稅人3%的征收率來交稅的。
4、對方沒有發票給妳是正常的，國稅局有專門的農產品收購發票，妳可以申請領購，就是針對妳們這類的業務的。
5、妳的營業執照是2010年3月拿到的，在執照上的日期30天內必須要辦理稅務登記證，不然要罰款的。
6、其他的問題我回答不了妳。