自然人申請代開發票應稅所得項目屬於勞務報酬，稿酬等綜合所得項目的，其個人所得稅由扣繳義務人即付款方依據《個人所得稅扣繳申報辦理辦法》的規定預扣預繳（或代扣代繳）辦理扣繳申報。自然人在稅局代開時部分稅局不要求當場繳納個人所得稅，並在發票上備註欄統壹註明“個人所得稅由支付方預扣預繳”，理應在年度終了時和其他綜合所得匯算清繳。自然人申請代開應稅所得項目屬於經營所得的，代開人直接在代開發票時繳納個人所得稅，劃入個人生產經營所得，不需要再由支付方代扣代繳，也不需要再和綜合所得進項匯算清繳。
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