1、代扣個人所得稅的手續費是所扣繳的稅款的百分之二。
2、如果納稅人由扣繳義務人代為扣稅的，每月或者每次預扣、代扣的稅款，其應當在次月十五日內繳入國庫，並向稅務機關報送扣繳個稅的申報表。
3、法律依據：《中華人民***和國個人所得稅法》第十四條
扣繳義務人每月或者每次預扣、代扣的稅款，應當在次月十五日內繳入國庫，並向稅務機關報送扣繳個人所得稅申報表。
納稅人辦理匯算清繳退稅或者扣繳義務人為納稅人辦理匯算清繳退稅的，稅務機關審核後，按照國庫管理的有關規定辦理退稅。
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法律依據：《中華人民***和國個人所得稅法》第十四條
扣繳義務人每月或者每次預扣、代扣的稅款，應當在次月十五日內繳入國庫，並向稅務機關報送扣繳個人所得稅申報表。
納稅人辦理匯算清繳退稅或者扣繳義務人為納稅人辦理匯算清繳退稅的，稅務機關審核後，按照國庫管理的有關規定辦理退稅。