辦理退稅，必須執行國家的經濟和稅收政策。稅務機關應相應設立必要的職能管理機構，建立嚴格的退稅審批制度，控制政策壁壘。納稅人申請退稅，應當按照國家有關退稅管理制度的規定，向當地稅務機關提交退稅申請報告，由稅務機關辦理退稅登記。
總之，公司為員工繳納的個稅，嚴格來說就是公司代扣代繳的個人所得稅，實際上是用員工的錢繳納的。這部分稅收是屬於員工的。如有退稅，稅務機關應退還給員工。
法律依據:
中華人民共和國個人所得稅法
第十四條
扣繳義務人每月或者每次扣繳的稅款，應當在次月15日內上繳國庫，並向稅務機關報送扣繳個人所得稅申報表。
納稅人辦理退稅或者扣繳義務人為納稅人辦理退稅的，稅務機關經審核後，應當按照國庫管理的有關規定辦理退稅。