稅務稽查隨機抽查主體是各級稅務稽查部門。國家稅務總局稽查局負責組織、協調全國稅務稽查隨機抽查工作，根據工作需要從全國重點稅源企業中隨機抽取待查對象，組織或督促相關地區稅務稽查部門實施稽查。省、市稅務局稽查局負責組織、協調、實施轄區內稅務稽查隨機抽查工作。縣稅務局稽查局負責實施轄區內稅務稽查隨機抽查工作。
省稅務局可以根據本地實際情況，適當調整稅務稽查選案層級，對轄區內的全國、省、市重點稅源企業由省稅務局稽查局集中確定隨機抽查對象。上級稅務稽查部門隨機抽取的待查對象，可以自行稽查，也可以交由下級稅務稽查部門稽查。下級稅務稽查部門因力量不足實施稽查確有困難的，可以報請上級稅務稽查部門從其他地區選調人員參與稽查。
上級稅務稽查部門可以對下級稅務稽查部門隨機抽查情況進行復查，以檢驗抽查績效。復查以案卷審核為主，必要時可以實地核查。