1，核實工資收入是否不超過5000元；
2.檢查是否未計入其他應納稅所得額，導致誤判為超過起征點；
3.確認社保、住房公積金等專項扣除是否正確扣除；
4.經確認存在錯誤扣稅的，應當及時向本單位財務或者稅務機關反映情況，申請退稅。
工資稅收處理的基本原則:
1，個人所得稅起征點:目前個人所得稅起征點為5000元，即月收入5000元以下的個人無需繳納個人所得稅；
2.綜合所得的計算:工資收入屬於綜合所得，需要累計全年的工資收入來計算應納稅額；
3.專項扣除:在計算應納稅所得額時，可以扣除三險壹金(養老保險、醫療保險、失業保險、住房公積金)等專項扣除；
4.專項附加扣除:包括子女教育、繼續教育、大病醫療等費用，符合條件可以申請扣除；
5.累進稅率:個人所得稅采用超額累進稅率，不同的應納稅所得額對應不同的稅率。
6.年度匯算清繳:每月代扣代繳的個人所得稅多繳的，可在年度匯算清繳時辦理退稅。
總結壹下，解決5000以下工資扣稅的方法有:核實收入、查看其他應納稅額、確認專項扣除、申請退稅。
法律依據:
中華人民共和國個人所得稅法
第六條
非居民個人的工資、薪金所得，以月收入減除費用五千元後的余額為應納稅所得額；
勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，應當納稅。