發工資沒扣稅需要補繳稅款。公司有代扣代繳個人所得稅的義務，公司履行了代扣的義務，但是沒履行代繳的義務，是納稅違法的；稅務機關會對企業做出追繳稅款的決定，同時，還會要求企業繳納應扣未扣、應收未收職工工資稅款的百分之五十以上三倍以下的罰款。
法律客觀：《稅收征收管理法》第六十九條 扣繳義務人應扣未扣、應收而不收稅款的，由稅務機關向納稅人追繳稅款，對扣繳義務人處應扣未扣、應收未收稅款百分之五十以上三倍以下的罰款。 第七十條 納稅人、扣繳義務人逃避、拒絕或者以其他方式阻撓稅務機關檢查的，由稅務機關責令改正，可以處壹萬元以下的罰款；情節嚴重的，處壹萬元以上五萬元以下的罰款。