公司股權轉讓後應當在稅務局進行繳納稅款。根據相關法律規定，需要繳納的稅款有印花稅以及企業所得稅等。有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。
法律客觀：《公司法》第七十壹條 有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。 股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答復的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權；不購買的，視為同意轉讓。 經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。 第壹百三十九條 記名股票，由股東以背書方式或者法律、行政法規規定的其他方式轉讓；轉讓後由公司將受讓人的姓名或者名稱及住所記載於股東名冊。 股東大會召開前二十日內或者公司決定分配股利的基準日前五日內，不得進行前款規定的股東名冊的變更登記。但是，法律對上市公司股東名冊變更登記另有規定的，從其規定。