如果部分連鎖店在異地，並註冊為分公司，有些地區要求地稅在異地繳納，可以繳納後由當地稅務開具納稅證明，總部這部分不用繳納。或者總部統壹繳納後開具納稅證明，分公司也不用繳納。
如果連鎖店是子公司，都是獨立法人，要分別各自納稅。但子公司轉給母公司的利潤，如果在當地繳納了所得稅，母公司可以免交或只繳納稅率差額（子公司享受稅收優惠政策而母公司不享受的要補齊差額部分）。