1.對從事學歷教育的學校提供教育服務取得的收入，免征營業稅；學校從事技術轉讓、技術開發業務以及相關的技術咨詢和技術服務業務取得的收入，免征營業稅；政府舉辦的高、中、小學(不含下屬單位)舉辦進修班、培訓班的收入，全部歸學校所有的，免征營業稅。
摘自中華人民共和國財政部國家稅務總局財稅[2004]39號。
2.至於所得稅，也可以申請減免，但具體情況要看地方。我們還申請了免所得稅。
至於重復征稅的問題，確實如妳所說。
如果學校是盈利的，對總公司來說就是投資收益，應該計入應納稅所得額計算總公司的所得稅。