根據《財政部國家稅務總局關於增值稅若幹政策的通知》（財稅（2005）165號）第六條規定，壹般納稅人在指導期內註銷或取消壹般納稅人資格，轉為小規模納稅人時，其存貨不轉出進項稅，其留抵稅額不退稅。因此，公司註銷時留抵的增值稅進項稅不予退稅。
《財政部、國家稅務總局關於增值稅若幹政策的通知》第六條 壹般納稅人註銷時存貨及留抵稅額處理問題。壹般納稅人註銷或被取消輔導期壹般納稅人資格，轉為小規模納稅人時，其存貨不作進項稅額轉出處理，其留抵稅額也不予以退稅。