根據《企業所得稅法》及相關規定，企業註銷時確實無法償付應付款項在清算時需要計入收入征稅。因此，在註銷稅務登記時,相關的往來賬款需要清理。如果分公司註銷稅務登記前，賬上存在大量與總公司的往來，應該通過賬務處理相互抵銷，沒有余額。
法律依據：
《中華人民***和國民法典》 第六十八條 有下列原因之壹並依法完成清算、註銷登記的，法人終止：(壹)法人解散；(二)法人被宣告破產；(三)法律規定的其他原因。法人終止，法律、行政法規規定須經有關機關批準的，依照其規定。