作為預繳稅金入庫的稅金，應在開具發票後的次月申報增值稅時抵扣適用的稅金。如果抵扣後仍有多繳，辦理退稅手續後需要重新開發票的，需在電子稅務局重新填寫《開具增值稅專用發票申報表》，自助終端在網上審批通知後代扣稅款並打印發票。
當月用作廢的發票重新開發票時，在開票金額不變的情況下，不得再次繳稅；當開票金額發生變化時，不僅可以作廢發票並將以前的稅務發票附在新開的發票上作為完稅憑證，還可以重新繳稅。之前倉庫交的稅，下個月申報納稅後還是會退還的。