1、個人直接通過政府機關、非營利組織向災區的捐贈，采取扣繳方式納稅的，捐贈人應及時向扣繳單位出示政府機關、非營利組織開具的捐贈憑據，由扣繳單位在代扣代繳稅款時，依法據實扣除；個人自行申報納稅的，稅務機關憑政府機關、非營利組織開具的接受捐贈憑據，依法據實扣除。
2、扣繳單位在向稅務機關進行個人所得稅全員全額扣繳申報時，應壹並報送由政府機關或非營利組織開具的匯總接受捐贈憑據（復印件）、所在單位每個納稅人的捐贈總額和當期扣除的捐贈額。
因此，題中：
公益救濟性捐贈扣除前應納稅所得額 = 3500 - 385 - 2 000 = 1 115元
公益救濟性捐贈扣除限額 = 1 115 * 30% = 334.50元
由於實際捐贈額1 000元大於捐贈扣除限額334.50元，因此，實際只能稅前扣除334.50元。
扣除公益救濟性捐贈後的實際應納稅所得額 = 1 115 - 334.5 = 780.50元
應交個人所得稅 = 780.5 * 10% - 25 = 53.05元
實際發放工資 = 3 500 - 385 - 53.05 = 3 061.95元
根據企業會計準則（制度）（2005前）的有關規定，題中相關會計處理：
借：管理費用 等科目 3 500元
貸：應付工資 3 500元
借：應付工資 438.05元
貸：其他應付款——應付社保金 385.00元
貸：應交稅金——應交個人所得稅 53.05元
借：應付工資 3 061.95元
貸：現金 等科目 3 061.95元