花都區國家稅務局自1999年獨立運作以來，以聚財為國、執法為民為總目標，借深化改革的東風，抓住機遇，與時俱進，改革創新，開拓進取，在組織收入、依法治稅、征管改革、科技興稅、納稅服務和隊伍建設方面取得了長足的進步，實現了跨越式的發展。
幾年來，花都區國家稅務局機構及人員設置幾經調整，現有機關科室11個、基層稅務分局6個。機關科室包括：辦公室、稅政科、征收管理科、政策法規科、進出口稅收管理科、收入核算科、人事教育科、監察室、機關黨委辦公室、信息中心、機關服務中心。基層稅務分局包括：第壹稅務分局，負責新華街、雅瑤鎮範圍納稅人的日常稅收征管和監控管理工作；第二稅務分局，負責花東鎮納稅人的征管；第三稅務分局，負責炭步鎮、赤坭鎮納稅人的征管；第四稅務分局，負責獅嶺鎮納稅人的征管；第五稅務分局，負責花山鎮、梯面鎮納稅人的征管；第六稅務分局，負責對花都區局管轄的納稅人進行稅務檢查，受理涉稅案件的舉報和查處工作。