稅務機關有權在發票管理中進行以下檢查：1、檢查發票存根聯和發票聯填寫情況；2、開具發票換票證，將開具的發票調出檢查；3、查閱、復制與發票相關的憑證和資料。
《發票管理辦法》第三十條規定，稅務機關在發票管理中有權進行下列檢查：(壹)檢查印制、領購、開具、取得、保管和繳銷發票的情況。(二)調出發票查驗。(三)查閱、復制與發票有關的憑證、資料。(四)向當事各方詢問與發票有關的問題和情況。(五)在查處發票案件時，對與案件有關的情況和資料，可以記錄、錄音、錄像、照像和復制。