國家稅務總局局內設有下列14個司級行政職能部門：1辦公廳。2政策法規司。3貨物和勞務稅司。4所得稅司。5財產和行為稅司。6國際稅務司（港澳臺辦公室）。7收入規劃核算司。8納稅服務司。9征管和科技發展司。10大企業稅收管理司。11稽查局。12財務管理司。13督察內審司。14人事司。
此外，國家稅務總局設有離退休幹部辦公室，直屬事業單位設有教育中心、機關服務中心、電子稅務管理中心、集中采購中心、稅收科學研究所、註冊稅務師管理中心、中國稅務雜誌社、中國稅務報社和揚州稅務幹部進修學院，中國稅務出版社由國家稅務總局主管、主辦。中***中央紀律檢查委員會在國家稅務總局派駐紀律檢查組，監察部在國家稅務總局派駐監察局，兩個機構合署辦公。
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