稅源管理科科員和稅務所科員沒有什麽區別。只是設立的單位不同，市區局因沒有下屬機構，內設稅源管理科，稅務所是縣級稅務機關的下屬單位。
首先，稅務所科員和基層分局科員都屬於基層公務員，都是所在單位的最基層。
其次，稅務所是分局的派出機構。 稅務所科員是在真正的基層，要比基層分局科員還要基層。
工作環境方面：基層分局壹般在市裏面的行政區域劃分所在區以及縣城，辦公條件壹般不會差，甚至要比同級別的其他單位（例如工商分局、民政分局等等）要好些。這要取決與當地經濟條件發展狀況。壹般不會太差。
稅務所，壹般在縣級以下的鄉鎮，條件壹般比不上市裏面和縣裏面的基層分局。壹般不會太好。如果當地有旅遊資源或賺錢的企業的話，另當別論。
工資待遇方面：同理，基層分局的要好於稅務所的。但考慮到市裏和縣裏的消費水平高，綜合物價因素考慮，基本是差不多的。
發展前景方面：壹般來說，往上提（由下層單位提拔或調任到上級單位，平級）要比往下調（把上級單位的幹部調到下級單位去當領導）要難得多。
當然，當地經濟條件發展狀況不是很好的稅務局基層分局也有可能存在這種情況，具體問題具體分析。 ?