1、機構屬性不同
國家稅務總局，為中華人民***和國國務院主管稅收工作的直屬機構，正部級。
稽查局是國家稅務總局主管稅務稽查工作的職能部門。
2、主要職責不同
國家稅務總局具體承擔所轄區域內各項稅收、非稅收入征管等職責。
稽查局起草稅務稽查法律法規草案、部門規章及規範性文件；辦理重大稅收案件的立案和調查的有關事項並提出處理意見；指導、協調稅務系統的稽查工作。
3、機關隸屬不同
國家稅務總局隸屬於中華人民***和國國務院。
稽查局是國家稅務總局的職能部門。
4、內設機構不同
國家稅務總局內設機構有：辦公廳、政策法規司、貨物和勞務稅司、所得稅司、財產和行為稅司、國際稅務司、收入規劃核算司、納稅服務司、征管和科技發展司、大企業稅收管理司、稽查局、財務管理司、督察內審司、人事司、機關黨委、離退休幹部辦公室、巡視工作辦公室。
稽查局內設機構有：綜合處、制度處、系統工作處、舉報中心（案源管理處）、稽查壹處、稽查二處、稽查三處、稽查四處、稽查五處（協查處）。
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百度百科-國家稅務總局稽查局