國家稅務總局拒絕給個體工商戶稅務登記，只是給個體工商企業發了營業執照，而去國家稅務總局登記，卻因為覺得以後發票數量少了而拒絕。

按照稅收征管法第十五條的規定，納稅人應當自領取營業執照之日起30日內，持有關證件向稅務機關申報辦理稅務登記。稅務機關應當自收到申報之日起30日內審核發放稅務登記證件。

國稅機關不辦理稅務登記證，屬於不作為，即違法行為，應依據《稅務人員違法違紀處分暫行規定》進行查處。