外交部、國防部、國家發展改革委(NDRC)、教育部、科技部、國防科學技術工業委員會(CIDT)、國家民委、公安部、國家安全部、監察部、民政部、司法部、財政部、人事部、勞動和社會保障部、國土資源部、建設部、鐵道部、交通部、信息產業部、水利部、農業部、商務部、
直屬特設機構:
國務院國有資產監督管理委員會(SASAC)
直屬機構:
海關總署、國家稅務總局、國家工商行政管理總局、國家質量監督檢驗檢疫總局、國家環保總局、中國民用航空局、國家廣播電影電視總局、國家新聞出版總署、國家體育總局、國家統計局、國家林業局、國家美國食品藥品監督管理局、國家安全生產監督管理總局、國家知識產權局、國家旅遊局、國家宗教事務局、國務院參事室、國家機關事務管理局。
辦公室:
國臺辦、僑辦、港澳辦、法制辦、新聞辦、研究室、振興東北辦。
直屬機構:
新華社、中國科學院、中國社會科學院、中國工程院、國務院發展研究中心、國家行政學院、中國氣象局、中國地震局、中國銀監會、中國證監會、中國保監會、國家電監會、全國社保基金理事會、國家自然科學基金委員。
還有中央軍委領導的武警部隊。