以下是國務院各部委與國務院直屬機構的名稱、職能和行政主體的具體區別：
壹、名稱不同：
1、國務院組成部門的名稱分別叫“部、委、行、署”，除中國人民銀行外，開頭都冠“中華人民***和國”。這裏的“中華人民***和國”既是國別概念，也是區域概念。
2、國務院直屬機構中，除中華人民***和國海關總署、國務院參事室外，其他機構名稱大都是“國家ⅩⅩ（總）局”，對外交往中可在名稱前加“中華人民***和國”或“中國”。這些機構名稱中冠“國家”，也是為了與地方政府相應機構進行區分。譬如，此次機構改革擬組建的國家醫療保障局。
二、職能不同
1、國務院組成部門，依法分別履行國務院基本的行政管理職能。
2、國務院直屬機構，主管國務院的某項專門業務，具有獨立的行政管理職能。
三、行政主體不同：
從法律意義而言，它們最主要的壹個區別在於是否具有行政主體的地位。國務院直屬機構有著獨立的行政主體資格。國務院直屬事業單位不是國家行政機關,但中華人民***和國國務院授權其中壹些單位行使壹定的行政職能，而國務院組成部門沒有獨立的行政主體地位（除非有法律，法規的授權）。
中國新聞網-兩會知多少：國務院機構裏的“部委辦局”都有啥區別
百度百科-中華人民***和國國務院