海關進口增值稅專用繳款書在國稅申報系統裏抵扣流程：
1）.下載國稅通用稅務數據采集軟件，進入後填寫海關完稅憑證抵扣清單，數據提交申報後再導出CRC.XML文檔和JK.XML文檔；
2）.再進國稅網/海關憑證抵扣導入；導入後申報表表二會自動生成；註意專用繳款書和增值稅抵扣聯壹樣，都要在當月底最後壹天內認證，超過當月了就屬於下月的抵扣進項了；計入增值稅進項稅額：
進口增值稅記入增值稅進項稅額，進品關系記入原材料等存貨科目；
借：原材料（或存貨科目）（進口關稅）?
應交稅費-應交增值稅-進項稅額（進口增值稅）貸：銀行存款（或庫存現金）
取得海關報關單，根據報關單貨物內容，可記入原材料等存貨科目；
借：原材料（或存貨科目）（海關報關單）
貸：銀行存款（或庫存現金）