海南省地稅局機關內設辦公室（信訪處）、組織人事處（機關黨委、工會、團委、老幹部工作處合署辦公）、計劃財務處、政策法規處、督察內審處、征管和科技發展處、納稅服務處、大企業稅收管理局、營業稅處、財產和行為稅處（原地方稅處）、所得稅處、房地產稅收管理處（原耕契稅處）、社保規費征管處、行政審批辦公室等14個處級職能機構，下設省局稽查局（正處級直屬機構）和電子稅務管理中心（正處級附屬事業單位）。