1、直屬區別：海事局是交通部直屬的國家公務員，而海關總署是國務院直屬機構。
2、職能區別：海事局主要負責船員管理、船舶登記、檢查和證書的發放、船舶安全檢查、水上搜救、水上交通事故和汙染事故處理、水上交通管制、通航保障、防止船舶汙染等工作，而海關是負責貨物進出口監督工作，包括海關稅則、統計、運輸工具檢疫和檢查、進出口貨物查驗、征收關稅和其他稅費、編制海關統計和海關稽查等工作。