1.信息中心
承擔本系統信息化建設的技術服務、技術支持和技術保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織本系統技術基礎設施建設管理與運維；參與擬訂稅收管理信息化建設規劃和實施方案，參與稅收管理信息化建設項目立項、技術標準、業務需求、資金使用等工作；組織本系統信息安全管理與實施。?
2.機關服務中心
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施和監督檢查；參與機關後勤體制改革工作；指導本系統後勤服務工作。
3.票證中心
承擔本系統稅收發票和票證（增值稅專用發票、普通發票、稅收票證等）的計劃編制、保管、調撥、結算、繳銷等工作；承擔票證防偽品管理及票證真偽鑒定等工作。