全局***設置內設機構10個，另設離退休幹部科（掛靠人事教育科），直屬機構1個，派出機構7個，事業單位2個。內設機構包括：辦公室、政策法規科、稅政科、收入核算科、納稅評估科、征收管理科、進出口稅收管理科、財務管理科、人事教育科、監察室；直屬機構為稽查局；派出機構包括：第壹至第四稅務所、勸業場稅務所、南市稅務所、體育館稅務所；事業機構包括：信息中心、機關服務中心。