菏澤市國稅局現內設15個科室，1個直屬機構，下轄10個縣區局、65個基層分局、3個基層稅務所。現有在職幹部職工2040人，其中市局機關101人，直屬機構47人，各縣區局1892人。擔負著全市33639戶企業和個體戶的稅收征收管理工作。