省局機關內設15個行政處室、1個直屬機構、5個事業單位。
省局主要機關如下：
辦公室
人事處
教育處(思想政治工作辦公室)
監察室
巡視工作辦公室
機關黨委辦公室
離退休幹部處
稽查局 省局轄下的13個市地局分別是：
哈爾濱市國家稅務局
齊齊哈爾市國家稅務局
牡丹江市國家稅務局
佳木斯市國家稅務局
大慶市國家稅務局
雞西市國家稅務局
雙鴨山市國家稅務局
伊春市國家稅務局
七臺河市國家稅務局
鶴崗市國家稅務局
綏化市國家稅務局
黑河市國家稅務局
大興安嶺地區國家稅務局