湖州市國家稅務局設置13個內設機構：辦公室、政策法規處、貨物和勞務稅處、所得稅處、收入核算處、納稅服務處、辦稅服務廳、征收管理處、財務管理處、人事教育處、監察室、大企業和國際稅務管理處、進出口稅收管理處；另設機關黨委辦公室、離退休幹部處。3個直屬機構：稽查局、車輛購置稅征收管理分局、直屬（開發區）稅務分局；2個派出機構：吳興稅務分局、南潯稅務分局；2個事業單位：信息中心、機關服務中心。垂直管理三個縣局單位：德清縣國稅局、長興縣國稅局、安吉縣國稅局。
截至2009年底，全市國稅系統***有在職幹部職工796人，男、女幹部人數分別為574人和222人，分別占72.1%和27.9%，平均年齡42.4歲。其中大專以上734人,占92.2%（其中碩士14人）;黨員542人，占68.1%；市本級國稅系統***有在職幹部職工379人，男、女幹部人數分別為271人和108人，分別占71.5%和28.5%，平均年齡42.74歲;大專以上343人,占90.5%（其中碩士10人）;黨員258人，占68.1%。