稽查局負責組織、指導、協調和監督本系統的稅務檢查工作；負責年度計劃確定的重點稅源企業和稅收違法案件的調查、審理和執行；組織實施稅務檢查規章制度，制定具體實施辦法；負責稅務案件報告的受理和傳遞；審核下級稅務檢查；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查司法工作；負責金稅工程發票的調查；負責領導組織稅收專項檢查；承辦領導交辦的其他工作。
市局稽查局設綜合科、選案(偵)科、稽查壹科、稽查二科、稽查三科、案件審理科、案件執行科、稅收違法案件舉報中心八個內設機構，級別為正股。