環保稅雖規模不大，但制度轉換難度大。環保稅法確定了“稅務征管、企業申報、環保監測、信息***享、協作***治”的征管新機制，為部門間合作提供了良好範例。從實際情況看，環保稅征管相對復雜，對汙染物排放監測專業技術要求高，需借助環保部門的汙染物監測管理能力，稅務機關與環保部門的工作協作配合是否順暢，關系到環保稅法的實施效果。
“排汙費征收38年來，累計向1380萬戶排汙單位收費***計3169億元，用於籌集汙染防治資金，為加強環境保護發揮了作用。”據環保部環境監察局副局長夏祖義介紹，目前，各地環保部門已完成全部歷史涉稅數據向地稅部門移交工作。蔡自力說，各級地稅機關已據此初步識別和確認環保稅納稅人33萬戶，並初步建立了環保稅稅源數據庫。
據了解，在環保稅首個申報繳納期之前，各級財政、稅務、環保等部門將進壹步做實做細相關準備工作，確保征管工作有效有序進行。進壹步細化明確有關政策，為納稅人提供更加細致地輔導和服務，切實加強部門協作配合，提升汙染物排放監測能力和水平。