(1)壹般情況下，環境保護稅按月計算，按季申報繳納。應於季度終了後15日內向稅務機關申報納稅。
(2)但在某些特殊情況下(不能按固定期限計算繳納的)，也可以按時間申報繳納，並在納稅義務發生之日起15日內向稅務機關申報繳納。
法律依據:《中華人民共和國環境保護稅法實施條例》。
第十二條稅務機關應當履行環境保護稅納稅申報受理、涉稅信息比對、組織稅款入庫等職責。環境保護主管部門依法負責應稅汙染物的監測管理，制定和完善汙染物監測標準。
第十三條縣級以上地方人民政府應當加強對環境保護稅征收管理工作的領導，及時協調解決環境保護稅征收管理中的重大問題。