環境保護稅全部由地方稅務機關作為地方收入征收，納稅人應向應稅汙染物排放區域的主管地方稅務機關申報繳納。海洋工程環境保護稅由納稅人向海洋石油稅務管理分局申報繳納。
二、分析細節
環境保護稅是對在我國境內和我國管轄的其他海域直接向環境排放應稅汙染物的企業、事業單位和其他生產經營者征收的壹種稅。
三、環境保護稅如何計算
1，汙染物排放。環境保護稅法規定了四種汙染物排放量的計算方法。序貫使用是指安裝使用符合國家規定和監測規範的汙染物自動監測設備，以自動監測數據為基礎進行計算。未安裝自動監測設備的，按照監測機構出具的符合國家有關規定和監測規範的監測數據計算。為了減輕監測負擔，如果當月沒有監測數據，可以使用最新的監測數據。不具備監測條件的，按照國務院生態環境主管部門公布的排汙系數或者物質平衡法計算。不能按照前三種方法計算的，按照省、自治區、直轄市生態環境主管部門公布的抽樣計算方法核定計算；
2.汙染當量值。汙染當量值是相當於1汙染當量的汙染物排放量，用於衡量大氣汙染物和水汙染物造成的環境危害和治理成本。
3、汙染當量數。應稅大氣汙染物和水汙染物的汙染當量值，通過將汙染物的排放量除以汙染物的汙染當量值計算；
4.稅收標準。應稅空氣汙染物和水汙染物征收浮動稅。大氣汙染物稅額幅度為1.2元至12元，水汙染物稅額幅度為1.4元至14元。