增值稅專用發票遺失，復印存根，交客戶所在地主管稅務局確認並開具扣稅憑證。報公司主管稅務局後，開具紅字發票沖抵原發票，再重新開具發票給客戶。如果稅款已經扣除，則不得重開。普通發票如有遺失，復印存根並蓋章給客戶錄入。財務人員要建立發票登記簿，登記購買發票的數量和號碼，開具發票的號碼、日期、客戶、金額、收款人，發給客戶會簽，以免麻煩。
發票入庫註意事項，1。單位和個人應當建立發票使用登記制度，設立發票登記簿，定期向主管國稅機關報告發票使用情況。2.單位和個人應當在辦理變更或者註銷稅務登記的同時，辦理發票和發票領購簿的變更和註銷手續。3.使用發票的單位和個人應當妥善保管，不得丟失。發票遺失的，應當在遺失當日書面報告主管國稅機關，並在報紙、電視等媒體上公開聲明作廢，由國稅機關予以處罰。4.開具發票的單位和個人應當按照國家稅務機關的規定存放和保管發票，不得擅自損毀。已開具的發票存根聯和發票登記簿應當保存五年，保存期滿後銷毀，並報主管國稅機關查驗。