此外，無論是增值稅應稅業務還是非增值稅應稅業務，都需要合理劃分應稅項目和非應稅項目，準確計算當期允許抵扣的進項稅額。不能抵扣的進項稅額=當月不能抵扣的進項稅額合計×當月免稅項目銷售額和非增值稅應稅服務營業額合計÷當月銷售額和營業額合計。
“營改增”納稅人不能抵扣的進項稅額=當期不能分割的進項稅額合計×(現行簡易計稅方法應稅項目銷售額+非增值稅應稅服務銷售額+免征增值稅項目銷售額)÷(當期銷售額合計+當期營業額合計)。
納稅人外購貨物和銷售貨物支付的運費(不含手續費、保險費和其他雜費)，按照運費結算單(普通發票)所列運費和基金金額，按7%抵扣進項稅額。
生產企業壹般納稅人購進廢舊物資回收經營單位銷售的免稅廢舊物資，可按廢舊物資回收經營單位開具並由稅務機關監制的普通發票上註明的金額，抵扣進項稅額10%。
企業購買增值稅防偽稅控系統專用設備和通用設備，可憑購買時取得的專用發票註明的稅額抵扣增值稅銷項稅額。
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