已被稽查的增值稅的會計處理可參照《國家稅務總局關於增值稅壹般納稅人如何認定偷稅數額和偷稅罰款的通知》(國稅發[1998]66號)和《國家稅務總局關於印發〈增值稅日常稽查辦法〉的通知》(國稅發[1998)的有關規定辦理
《中華人民共和國國家稅務總局關於印發(增值稅日常檢查辦法)的通知》(國稅發[1998]44號)規定:增值稅查賬調整方法:對增值稅檢查後的賬戶調整，應設置“應交稅金、增值稅檢查調整”專用賬戶。檢查後應減少賬面進項稅額或增加銷項稅額和進項稅額，借記有關科目，貸記“應交稅金——增值稅檢查調整”；檢驗後應增加賬面進項稅額或減少銷項稅額和進項稅額，借記“應交稅金——增值稅檢驗調整”相關科目；所有賬戶調整項目入賬後，應對該賬戶余額進行結算處理。