稅務機關稽查的基本程序是：
壹、選案。根據案源信息篩選，決定是否立案。
二、立案。
三、檢查。結果制作《稅務稽查報告》。實施檢查之日起60日內完成，確需延長檢查時間的，應當經稽查局局長批準。
四、審理。檢查完畢，檢查部門應當將《稅務稽查報告》、《稅務稽查工作底稿》及相關證據材料，在5個工作日內移交審理部門審理，並辦理交接手續。審理部門接到檢查部門移交的《稅務稽查報告》及有關資料後，應當在15日內提出審理意見。
但下列時間不計算在內：
（壹）檢查人員補充調查的時間。
（二）向上級機關請示或者向相關部門征詢政策問題的時間。
案情復雜確需延長審理時限的，經稽查局局長批準，可以適當延長。