西與松原市寧江區接壤，南與長春市郭謙縣、農安縣、德惠市隔第二松花江相望，北與黑龍江省大慶市肇源縣、黑龍江省哈爾濱市雙城區接壤，東與長春市榆樹市接壤。
扶余是連接黑龍江、遼寧兩省的公路、鐵路交通要塞，境內有扶余站、扶余北站。
分部詳情
2011年末，扶余市轄三岔河鎮、長春嶺鎮、吳家站鎮、陶來召鎮、蔡家溝鎮、弓棚子鎮、三井子鎮、增盛鎮、大林子鎮、新萬發鎮、新源鎮、德勝鎮、三軍鄉、德勝鎮等12個建制鎮。
包括7個居委會，383個村；有1025個自然村，173個居民小組，1810個村民小組。還有國營易家店農場和下代基、拉林兩個灌區。扶余市人民政府駐三岔河鎮。