現有內設處室10個：辦公室、人事處、教育處、監察室、征收管理處、流轉稅管理處、所得稅管理處、計劃財務處、政策法規處、工會；事業單位4個：機關服務中心、培訓中心、信息中心、發票管理所；直屬單位4個：稽查局、征收局、涉外稅收管理分局、進出口稅收管理分局。市區設置7個管理分局：東關、西關、江南、江北、沿江、高新、經濟開發區分局；縣（市）設5個征收分局：永吉縣局、磐石市局、樺甸市局、蛟河市局、舒蘭市局。全市國稅系統現有幹部2157人。承擔全市國有、集體、股份、股份合作、聯營企業、私營企業10983戶，個體業戶32867戶、涉外企業236 戶的稅收征管工作。
征管範圍包括：增值稅；消費稅；中央企業所得稅；中央級金融保險營業稅；中央與地方所屬企事業單位組成的聯營、股份制企業繳納的所得稅；地方銀行、非銀行金融機構的企業所得稅；2002年1月1日以後註冊的企事業單位繳納的所得稅；外商投資企業和外國企業所得稅；儲蓄存款利息個人所得稅；車輛購置稅；出口退（免）稅等。