法律分析：1、去公司所在的區科委領取技術開發合同的標準樣本,或者去市技術市場管理辦公室的網站下載；
2、根據雙方已經訂立的合同為依據填寫標準樣本合同並雙方簽字和蓋章；
3、遞交填寫好的樣本合同同時把雙方訂立的原始合同作為附件；
4、大約五個工作日左右會得到科委的批復,若通過認證,則取得壹張技術開發合同的登記證明；
5、立馬可以將得到科委認證的合同和登記證明遞交到上海市技術市場管理辦公室；
6、大約十天左右可以得到批復,若通過,則在合同上會印有"上海市技術市場管理辦公室的合同認定章"；
7、此時已經證明此合同屬於技術開發合同,可以去相關稅務部門申請免營業稅；
8、去稅務局購買印花稅(總金額的萬分之三)貼在合同規定處；
9、去專管員處領取申請免稅的清單和資料(可以免除5%的營業稅和相應的附加稅)，提交申請後十天左右即可得到稅務局的最終批復；
10、當得到最終認定免稅的通知後,即可開具發票給客戶,並在當月申報過程中填寫免稅金額,以抵消稅款。
法律依據：《技術合同認定規則》 第二十壹條 技術開發合同的認定條件是：
（壹）有明確、具體的科學研究和技術開發目標；
（二）合同標的為當事人在訂立合同時尚未掌握的技術方案；
（三）研究開發工作及其預期成果有相應的技術創新內容。