1、計稅方法不同
壹般納稅人原則上采用壹般計稅方法（提供公***交通運輸服務等特定應稅行為的壹般納稅人也可選擇簡易計稅方法）。小規模納稅人采用簡易計稅方法。
2、稅率與征收率不同
壹般納稅人適用增值稅稅率（簡易計稅的除外），目前增值稅稅率包括13%、9%、6%，0。（2019年4月1日施行）小規模納稅人適用增值稅征收率，目前增值稅征收率包括5%、3%。
3、增值稅發票使用不同
壹般納稅人可以開具和取得增值稅專用發票。除部分國家稅務總局規定的行業（如住宿、建築等8個行業）小規模納稅人可以選擇自行開具專用發票外，大部分小規模納稅人不能自開專用發票，如果需要開具專用發票可以到稅務機關申請代開。