申請程序總結如下:
1.企業的技術開發項目必須先向其下屬科委或經委的科技部門申請立項，取得科委或經委的企業技術開發項目確認書(或其他有關確認文件)，編制技術開發項目開發計劃和技術開發費預算。
2.立項並取得科委或經委的企業技術開發項目確認書後，應報稅務機關審批(這是因為國家沒有取消稅務機關對技術開發項目的審批)。稅務機關壹般應將審核數據報省級稅務機關備案，並作出批準或不批準項目的決定，書面通知企業。
3.年末企業所得稅匯算清繳時，壹些地方的稅務機關可能會要求企業出具中介機構的審計報告。
工業集團企業向下屬企業提取技術開發費的審批政策不變。
根據國稅發[1999]49號文規定，工業集團公司(以下簡稱集團公司)根據生產經營和科技發展的實際情況，對技術要求高、投資大的項目，需要從所屬企業集中提取技術開發費的，經國家稅務總局或省級稅務機關審批，可以集中提取。集團公司應在每個納稅年度的7月1日前向中華人民共和國國家稅務總局或省級稅務機關申請從所屬企業提取技術開發費；超過期限的，不予受理。中華人民共和國國家稅務總局或者省級稅務機關收到企業集團的申請後，經審查符合條件且資料齊全的，應當及時審批。