金稅三期系統默認所有扣繳單位均應該明細扣繳個人所得稅，特殊情況下（例如本案）上市公司可以在7月1日上線後，向主管機關要求增加扣繳申報方式為匯總方式，並在增加後，填寫《扣繳個人所得稅報告表》上門辦理該部分稅款的匯總申報。
2016年7月1日起，廈門市稅務機關將統壹上線金稅三期稅收管理系統，作為配套軟件，屆時廣大扣繳單位應采用金稅三期個人所得稅扣繳軟件，通過網絡在線，辦理個人所得稅明細扣繳申報。
擴展資料：
以下個人所得稅款不能使用個人所得稅扣繳軟件辦理申報：
（1） 定期定額（雙定）或定期定率（單定）方式應納的個人所得稅；
（2） 獨資、合夥企業個人投資者的個體工商戶生產經營所得項目應納的個人所得稅(獨資、合夥企業雇員的工薪所得可以采用金稅三期個人所得稅扣繳軟件辦理申報)；
（3） 個人自行申報情形下的各類申報：例如多處多次取得收入自行申報、年所得12萬元以上納稅人年度自行申報等。
以上情形中，第（1）、（2）點及第（3）點中年所得12萬元以上納稅人年度自行申報仍通過我局網站（/）辦理，其他則需要上門至主管稅務機關辦理。
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