進口設備免稅申請流程是，首先，到經信系統審核備案，取得項目確認書，包括設備清單，然後再到海關申請項目備案表並錄入。填寫征免稅申請表，相關儀器情況說明，及相關材料報送。待審核通過即可取得征免證明。
二、分析
暫時進出口貨物入境時，申報人應交驗國務院有關主管部、委、局或省、自治區、直轄市人民政府或主管司、局級以上機關的批準文件。經海關核準的暫時進口貨物，申報人應向海關交納相當於稅款的保證金或提供海關認可的保證函。貨物復運出境時，應填寫出口貨物報關清單壹式三份，同時交驗其留存的原進口貨物報關單及貨物清單向原進境地海關辦理復運出境手續。暫進復出貨物的期限為六個月。期滿不復運出境的，應由申報人向海關辦理正式進口手續和照章征稅。對無線電器材和動植物檢疫、藥品檢驗、食品衛生檢驗的貨物，還應憑有關部門的檢驗證件驗放。外商投資企業變更備案回執復印件兩份以及其他需要說明或提供的材料。以上材料需要加蓋企業公章。
三、進口設備免稅是免什麽稅
免稅分為非常多的種類，如月銷售額不足3萬的小規模納稅人和營業稅納稅人減免的是增值稅和營業稅。如農業合作社和農業生產者個人銷售自產農產品，免征增值稅。高新技術企業減征企業所得稅。每壹項減免都有專門的財稅批文，有明確的減免條件、減免事項、減免稅種，減免時間。