對於已經開展網上認證的地區，納稅人可以掃描本單位的發票，並將數據文件發送至稅務機關完成認證。增值稅發票認證的期限為自開票之日起90天內，當月認證的發票必須在當月抵扣。第壹種認證方式無需解釋，第二種在線認證的步驟詳述如下:
打開企業電子報稅管理系統，點擊進項發票管理下的防偽稅控進項專用發票管理，點擊左上角的增加，然後輸入相應的票面信息，全部核對無誤後點擊保存，再點擊審核，有多少次新發票。
待認證發票錄入完畢後，點擊輸入發票管理下的待認證輸入發票導出，點擊左上角的錄入日期，然後點擊確定。待認證發票全部顯示後，點擊右上角的寫網上認證文件(如果需要去稅務局認證，點擊寫XML文件)，選擇文件存儲路徑(壹般存儲在u盤或移動u盤)，點擊確定。彈出文件寫入成功的提示框，繼續點擊“確定”，然後進入廣東省稅務局網站開始發票認證。
網上認證需要1-2個工作日才能知道認證結果。結果出來後，在認證查詢壹欄查詢認證結果。如果所有發票都認證成功，在認證結果下載界面點擊進入下載，文件類型選擇認證101，年份和月份選擇本月。點擊“下載證書結果通知”，下載後打印出通知。如果發票沒有通過認證，需要重新上傳。