33258
是膜透性的,因此在活細胞時候能輕松進入;DAPI是半透性的,有選擇性的進入.因此Hoechest
33258
壹般用來染活細胞,可以長驅直入;DAPI壹般是染固定細胞.
2、兩者都可以用紫外看，參見以下的激發發射波長
Hoechst
33258的最大激發波長為346nm，最大發射波長為460nm；Hoechst
33258和雙鏈DNA結合後，最大激發波長為352nm，最大發射波長為461nm。
DAPI的最大激發波長為340nm，最大發射波長為488nm；DAPI和雙鏈DNA結合後，最大激發波長為364nm，最大發射波長為454nm。
3、DAPI
可以穿透細胞膜與細胞核中的雙鏈DNA結合而發揮標記的作用，和EB相比，對雙鏈DNA的染色靈敏度要高很多倍。顯微鏡下可以看到顯藍色熒光的細胞，熒光顯微鏡觀察細胞標記的效率高(幾乎為100
%)
。DAPI染色常用於細胞雕亡檢測，染色後用熒光顯微鏡觀察或流式細胞儀檢測。
Hoechst
33342、
DAPI染料與DNA的結合是非嵌入式的，主要結合在DNA的A-T堿基區。紫外光激發時發射明亮的藍色熒光,同時，由於對細胞毒性小，hoechst可以用於幹細胞（SPcell)的富集。